微载生物

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GO和KEGG富集分析

项目编号:
*输入数据文件:
示例文件

文本文件名,文件中只包含一列基因名

*物种设置:

注意:可以先通过预览的方式选择合适图形后,再提交订单


  • 说明
  • 例子
  • FAQS
  • 引用

功能介绍:

 

数据基因列表后,将这些基因与GO和KEGG数据库的通路进行比对,找到匹配的基因,统计数据,使用超几何检验对各个通路进行富集分析。使用差异表达基因列表进行富集分析,可以发现疾病组样本中发生改变的通路,指导研究员后续的分析方向。

 

输入文件

 

1.选择文件


2. 选择物种

选择对应的KEGG数据库的数据集

 

输出结果


输出结果说明

注释结果信息统计表

表头解释

图1  注释结果数目统计饼图


图2  E值分布统计饼图

3. KEGG注释统计

Pathway注释信息统计表


表头说明

 

Pathway 通路名

Pathway ID KEGG 数据库中的 Pathway ID

Number of Gene 注释到该通路的基因的数目

Gene ID 注释到该 Pathway 的基因

KO ID 属于该 Pathway 的 KEGG Orthology

 

图3   KO富集条形图

Q1. 上传的数据需要保存成什么格式?文件名称和拓展名有没有要求?

 

当前支持txt(制表符分隔)文本文件。

 

文件名可由英文和数字构成,文件拓展名没有限制,可以是“.txt”、“.tsv”。

 

Q2.富集分析工具的任务一般要跑多久?

一般运行3~5分钟。

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